อุทยานแห่งชาติภูจองนายอย ตั้งอยู่ในท้องที่อำเภอบุณฑริก อำเภอนาจะหลวย และอำเภอน้ำยืน จังหวัดอุบลราชธานี มีอาณาเขตติดต่อกับประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว และสาธารณรัฐประชาธิปไตยกัมพูชา พื้นที่ป่าอยู่ในส่วนหนึ่งของเทือกเขาพนมดงรัก ประกอบด้วย ภูเขาภูเล็กภูน้อยมากมาย เช่น ภูจองนายอย ภูจองน้ำซับ ภูจอง ภูจันทร์แดง ภูพลานสูง ภูพลานยาว เป็นต้น มีสภาพป่าสมบูรณ์ สภาพธรรมชาติที่สวยงามและมีสัตว์ป่าชุกชุม มีเนื้อที่ประมาณ 686 ตารางกิโลเมตร หรือ 428,750 ไร่
ลักษณะภูมิประเทศ
ส่วนใหญ่บริเวณป่าภูจอง-นายอยจะเป็นเทือกเขาแหล่งต้นน้ำของลำน้ำลำห้วยที่สำคัญของจังหวัดอุบลราชธานี สภาพป่าโดยทั่วไปเป็นป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ ป่าเต็งรัง มีพันธุ์ไม้ขึ้นอยู่หนาแน่นและอุดมสมบูรณ์ ส่วนมากดินจะเป็นดินลูกรังปะปนหินปูนตามบริเวณที่ราบบนเนินเขา และประกอบด้วยลานหินลักษณะต่าง ๆ ตลอดจนหน้าผา เช่น ผาผึ้ง
ลักษณะภูมิอากาศ
สภาพภูมิอากาศของอุทยานแห่งชาติภูจอง-นายอย จัดเป็น 3 ฤดู
ฤดูฝน เริ่มราวเดือนมิถุนายน - พฤศจิกายน
ฤดูหนาว เริ่มราวเดือนธันวาคม - กุมภาพันธ์
ฤดูร้อน เริ่มราวเดือนมีนาคม - พฤษภาคม
พันธุ์ไม้และสัตว์ป่า
ประกอบด้วยพรรณไม้ชนิดป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง ซึ่งขึ้นอยู่เป็นส่วน ๆ มีพรรณไม้ขึ้นหนาแน่นประมาณ 75% โดยเฉลี่ยประกอบด้วยไม้พื้นล่างขึ้นหนาแน่น ได้แก่ จำปาป่า และพรรณไม้ดอกต่าง ๆ แซมเป็นไม้พื้นล่างให้กับไม้ยืนต้นจำพวกตะเคียนทอง ประดู่ ยาง กระบาก ปู่จ้าว พยุง มะค่าแกแล เป็นต้น ขึ้นแยกอยู่ตามสภาพป่า
