กรมป่าไม้ได้ทำการสำรวจและจัดตั้งกำหนดบริเวณที่ดินสุสานหอย 75 ล้านปี หาดนพรัตน์ธารา หมู่เกาะพีพี และเกาะใกล้เคียง ในท้องที่ตำบลหนองทะเล ตำบลอ่าวนาง ตำบลไสไทย และตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองกระบี่ จังหวัดกระบี่ เนื้อที่ประมาณ 243,725 ไร่ นับเป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 47 ของประเทศไทย ชื่อว่า อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา หมู่เกาะพีพี ต่อมาได้ดำเนินการผนวกพื้นที่บริเวณสุสานหอยและเกาะใกล้เคียง เพิ่มอีกจำนวน 12 ไร่ 68 ตารางวา และเพิกถอนพื้นที่บางส่วนในท้องที่ตำบลหนองทะเล อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ มีเนื้อที่ประมาณ 1,300 ไร่ สำหรับกองทัพเรือ ใช้ในการสร้างฐานทัพเรือ และเป็นเขตพระราชฐาน ดังนั้นจึงมีเนื้อที่ทั้งหมดคงเหลือ 242,437 ไร่
ลักษณะภูมิประเทศประกอบด้วยพื้นที่ภาคพื้นดินบนชายฝั่ง ได้แก่ บริเวณเขาอ่าวน้ำเมา และป่าอ่าวนาง-หางนาค และหมู่เกาะต่างๆ ธรณีสัณฐานของพื้นที่เป็นเทือกเขามีความสูงชันเรียงตัวยาวไปตามแนวทิศตะวันตกเฉียงเหนือ-ทิศตะวันออกเฉียงใต้ บริเวณชายฝั่งเป็นเขาสูงชัน ทางด้านตะวันตกมีความลาดชันมากกว่าตะวันออก ธรณีสัณฐานของพื้นที่ชายฝั่งทะเลและหมู่เกาะต่างๆ ในทะเลอันดามัน ได้รับอิทธิพลจากแนวการเคลื่อนตัวของเปลือกโลกที่เรียกว่า Indosenia Teotonic Movement และในบริเวณป่าชายเลนเขาหางนาค ริมฝั่งทะเลมีลำคลองเขากลม ได้รับน้ำจืดที่ระบายมาจากบึงขนาดใหญ่ ที่เรียกว่า หนองทะเล ทำให้เกิดสภาพป่าชายเลน และที่ราบต่ำป่าเสม็ดบริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ที่เรียกว่า คลองแห้ง (หาดนพรัตน์ธารา)
ลักษณะภูมิอากาศอุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี ได้รับอิทธิพลลมมรสุมเขตร้อน ระหว่างเดือนพฤศจิกายน-เดือนตุลาคม มีลมมรสุมตะวันออกเฉียงใต้พัดผ่าน ลักษณะภูมิอากาศจึงแบ่งออกเป็น 2 ฤดู คือ ฤดูฝน จากต้นเดือนพฤษภาคมเดือนธันวาคม และฤดูร้อนจากต้นเดือนมกราคมเดือนเมษายน อุณหภูมิโดยทั่วไป 17-37 องศาเซลเซียส ปริมาณน้ำฝนในรอบปีเฉลี่ยประมาณ 2,231 มิลลิลิตร ปริมาณน้ำฝนมากที่สุดในเดือนกรกฎาคม และน้อยที่สุดในเดือนกุมภาพันธ์
พันธุ์ไม้และสัตว์ป่าพันธุ์พืชในเขตอุทยานแห่งชาติสามารถ แบ่งได้เป็น 3 ประเภท ประกอบด้วย ป่าดงดิบชื้น พบบริเวณที่เป็นภูเขาสูงชัน เนื่องจากพื้นที่เป็นภูเขาหินปูนซึ่งมีชั้นดินบาง และรับลมแรงจึงเป็นป่าดิบชื้นที่ไม่สมบูรณ์ตามธรรมชาติ พันธุ์พืชที่พบ ได้แก่ ตะเคียนหิน ตะเคียนทอง ยาง พะยอม และไม้ชั้นล่าง ประกอบด้วย จันทน์ผา หวาย ไทร และเถาวัลย์หลายชนิด ป่าชายเลนมีอยู่ในบริเวณคลองแห้ง และบริเวณคลองย่านสะบ้า พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ โกงกาง แสม ตะบูน ถั่วดำ ถั่วขาว เป็นต้น ป่าพรุ เป็นสังคมพืชเด่นที่พบต้นเสม็ดขึ้นอย่างหนาแน่น บริเวณหาดนพรัตน์ธาราพันธุ์พืชที่พบนอกจากต้นเสม็ดขาวที่ขึ้นอยู่อย่างหนาแน่นแล้วยังพบ พะยอม หว้าหิน ไม้นน ไม้เนียน และหญ้าคา เป็นต้น พันธุ์สัตว์ในเขตอุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาพีพี จำแนกออกเป็นประเภทต่างๆ เท่าที่สำรวจพบได้ดังนี้ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม , นก , สัตว์เลื้อยคลาน, สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ, ปลา นอกจากสัตว์ป่าที่กล่าวมาแล้ว พันธุ์สัตว์น้ำที่สำคัญสัตว์น้ำประเภทไม่มีกระดูกสันหลังอีกหลายชนิด เช่น ปลิงทะเล สำหรับพันธุ์สัตว์น้ำประเภทไม่มีกระดูกสันหลังที่สำคัญที่สุด คือ ปะการัง ได้แก่ ปะการังหนาม ปะการังผิวถ้วย ปะการังผักกาด และปะการังต้นไม้ เป็นต้น
-
จากกรุงเทพฯใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 4 ผ่านจังหวัดเพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร ระนอง พังงา กระบี่ รวมระยะทางประมาณ 946 กิโลเมตร หรือใช้ทางหลวงหมายเลข 4 ถึงจังหวัดชุมพร ต่อด้วยทางหลวงหมายเลข 41 ผ่านอำเภอหลังสวน อำเภอไชยา เข้าอำเภอเวียงสระ จังหวัดสุราษฎร์ธานี จากนั้นใช้ทางหลวงหมายเลข 4035 ผ่านอำเภออ่าวลึก ใช้ทางหลวงหมายเลข 4 อีกครั้ง เข้าสู่จังหวัดกระบี่ รวมระยะทางประมาณ 814 กิโลเมตร จากจังหวัดกระบี่ ไปตามถนนสายในเมือง-ในสระ ระยะทางประมาณ 18 กิโลเมตรจากตัวเมืองกระบี่ถึงหาดนพรัตน์ธาราฯ จากนั้นใช้เส้นทางเลียบชายทะเลที่เชื่อมระหว่างหาดนพรัตน์ธาราฯ และหาดบ้านอ่าวนางไปทางทิศใต้ ระยะทาง 6 กิโลเมตร สำหรับไปชมอ่าวพระนางต้องนั่งเรือประมาณ 20 นาที และจากหาดนพรัตน์ธาราฯ มีทางแยกไปสุสานหอย 75 ล้านปี ระยะทาง 11 กิโลเมตร
จากท่าอากาศยานกรุงเทพฯ มาลงที่สนามบินจังหวัดกระบี่
จากจังหวัดกระบี่ มีเรือโดยสารที่ท่าเรือเจ้าฟ้า หรือที่ท่าเรืออ่าวพระนาง ระยะทาง 40 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินทางประมาณ 1 1/2 ชั่วโมง - 2 ชั่วโมง การเดินทางโดยเรือจากจังหวัดภูเก็ต ก็มีระยะทางประมาณ 40 กิโลเมตร หรือจะโดยสารเรือที่ท่าเรือฉลอง อ่าวมะขาม จังหวัดภูเก็ต ระยะทาง 40 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินทางประมาณ 1 1/2 ชั่วโมง - 2 ชั่วโมง ก็ได้เช่นกัน
จากสถานีรถไฟกรุงเทพฯ มาลงได้ทั้งที่สถานีรถไฟ จังหวัดตรัง สถานีรถไฟพุนพิน จังหวัดสุราษฎร์ธานี หรือสถานีรถไฟทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราช จากนั้นต่อรถโดยสารเข้า จังหวัดกระบี่
การเดินทางโดยรถโดยสารประจำทาง นักท่องเที่ยวสามารถติดต่อซื้อตั๋วได้ที่สถานีขนส่งสายใต้ มีบริษัทเดินรถ 2 บริษัท คือ บริษัทขนส่ง จำกัด และบริษัทลิกไนท์ทัวร์
